A pesar de que Sam ha hecho lo imposible para dejar atrás el conflicto en Mission City y regresar a su rutina diaria, la batalla entre los Autobots y Decepticons, aunque un incidente secreto, ha instigado muchos cambios. El Sector 7 ha sido disuelto desde entonces y el agente Simmons (John Turturro), su miembro más leal, ha sido despedido sumariamente. En su lugar, se ha creado una nueva agencia llamada NEST. Utilizando experimentados comandos como Lennox (Josh Duhamel) y Epps (Tyrese Gibson), NEST busca trabajar conjuntamente con los Autobots para evitar otra mortal confrontación con los Decepticons.